В это же время существовал в городе еще один мужской монастырь, который, как считает А. А. Гераклитов, известный исследователь истории Саратовского края, был основан еще до 1682 г. Его обычно исследователи помещают на Увеке. Считается, что в 1693 г. он полностью сгорел и был соединен с тоже сгоревшим Богородицким монастырем и восстановлен на месте последнего в городе, на левом берегу Глебучева оврага. В устройстве нового монастыря большое участие принимал богатый волжский промышленник Павел Дубенский, ставший его игуменом под именем старец Паисий. Маленький храм был освящен здесь во имя святителей Петра, Алексея, Ионы и Филиппа, митрополитов Московских и всея Руси чудотворцев. По этому храму монастырь назывался Четырехсвятским. В 1710 г. в мужской Четырехсвятский монастырь "по генеральному расположению окладного жалования назначено 45 р. да по 45 четвертей ржи и овса", а именно: игумену по 5 р. да по 5 четвертей ржи и овса, а прочим 20 монахам по 2 р. да по 2 четверти ржи и овса. Денежное жалование поступало из Казани, обычно в половину против оклада, а рожь и овесь выдавались в Саратове из наличного провианта, присылаемого из верховых городов. А с передачей Саратова в Астраханскую губернию выдача денег и хлеба прекратилась, монахи вынуждены были жить своими трудами и мирским подаянием. В 1717 г. вместо старой ветхой деревянной церкви выстроена новая деревянная во имя Преображения Господа Бога с приделом во имя Чудотворцев московских. В 1722 г. в Четырехсвятском мужском монастыре были лишь 16 монахов; все они были из простого звания от 41 до 102 лет возраста.

16 июня 1735 г. с разрешения Преосвященного Илариона состоялась закладка новой каменной церкви, но в случившийся спустя три года пожар монастырь и церковь сгорели. Началось восстановление обители. В этом году за Четырехсвятским монастырем числилось сенных покосов на 300 копен, земли 6 четвертей в поле, мельница небольшая при ключе, а в Саратове в рыбном ряду амбар с погребом и в кузнечном ряду за городом три кузницы. Со всего в 1738 г. было собрано 79 р. 75 коп., а израсходовано 74 р. 50 коп. По ведомостям 1739 - 1741 гг. в Коллегию экономии Саратовский Четырехсвятский монастырь ничего не платил. Но по ведомости 1742 г. в Четырехсвятском монастыре крестьян не было, хлеба с пашни, приплодного и помольного, получено 16 четвертей да продано скота и прочего на 79 р. 75 коп. Весь доход оставлен был монастырю и в Коллегию экономию он не платил.

Строительство каменного храма затянулось до 1752 г., когда он был окончен постройкой и главный престол освящен во имя Преображения Господня, а придельный - во имя московских четырех святителей. С этого времени Четырехсвятский монастырь был переименован в Преображенский. Через пять лет в грандиозный пожар сгорело 1675 дворов, шесть каменных церквей и два монастыря. После восстановления монастыря церковь стала именоваться Спасо-Преображенской, а с 1764 г. и весь монастырь стали тоже именовать Спасо-Преображенским. В этом году монастырь был оставлен на своем содержании.

Кроме Спасо-Преображенской церкви, на монастырском подворье над настоятельскими каменными кельями в 1768 г. для приезда архиерея из Астрахани был выстроен деревянный этаж столярной работы, получивший название "архиерейского". Позднее над этими хоромами сделали чердаки. Кроме того были братские кельи, амбары, сараи, баня и другие постройки. В 1791 г. стали строить здание для семинарии - высшей духовно-монастырской школы. Из Астрахани приехал в монастырь новый строитель и будущий ректор семинарии иеромонах Парфений. Но просуществовала семинария очень недолго.

Весь монастырь был обнесен стеной. Среди северной стены были каменные святые врата, над которыми была построена каменнная башенка, откуда монахи наблюдали за городом и проходящими.

Второй Пензенский и Саратовский епископ Моисей (Близнецов-Платонов) решил восстановить заброшенный и полуразрушенный Спасо-Преображенский монастырь, сильно отличавшийся от блеска и благолепия, имевшихся в монастырях и часовнях старообрядцев и способствовавших привлечения простого народа к их вере. Моисей вызвал для восстановления саратовской мужской обители из московского Заиконоспасского училищного монастыря Савву, ставшего настоятелем Спасо-Преображенского монастыря. Но ни Преосвященному Моисею, ни архимандриту Савве, ни их преемникам не удалось поднять монастырь, чтобы он превосходил блеск иргизских старообрядческих обителей и "пленял" бы простой народ. Спасо-Преображенский монастырь в Саратове до последних дней был местом ссылки безобразников и пропойц духовного звания. Он не пользовался лестной известностью ни в Саратове, ни в губернии.

Начавшийся от топившейся печи пожар при сильном ветре стал опустошительным для Саратова. 20 июня 1811 г. сгорели дома каменные, лавки, торговые ряды и рыбные лабазы на берегу и многие другие постройки. На Волге погибло 12 судов с лесом и рыбой. Огонь бушевал с утра до позднего вечера. Кроме трех, остальные церкви пострадали от пожара. Спасо-Преображенский монастырь сгорел буквально до основания.

Сгорели архиерейско-настоятельские покои, братский келейный корпус, духовное управление, бывшее в монастыре, и все дела. Оставшиеся каменные монастырские и служебные постройки растрескались. От церкви уцелели одни стены. В пламени погиб новый, с еще не убранными лесами иконостас.

Приведя в возможное благолепие и освятив придельный храм во имя Четырех святителей, и устроив братию, игумен сгоревшего монастыря Савва осенью пожарного года уехал в Петербург, где во время аудиенции с обер-прокурором Св. Синода князем А. Н. Голицыным высказал мысль о восстановлении монастыря на новом, удаленном от города месте и просил на это средства. Вскоре разрешили составить проектные чертежи на строения и смету на восстановление монастыря. Однако Отечественная война 1812 г. задержала возрождение Спасо-Преображенского монастыря.